无菌均质器又叫拍打式均质器，或无菌均质机。使用无菌均质器只需将样品和稀释液加入到无菌的样品袋中，然后将样品袋放入拍击式均质器中即可完成样品的处理。有效地分离被包含在固体样品内部和表面的微生物均一样品，确保无菌袋中混合全部的样品。处理后的样品溶液可以直接进行取样和分析，没有样品的变化和交叉污染的危险。
均质器使样品处理过程中*的设备。常用的均质器主要是旋转均质器和拍击式均质器。
旋转式均质器是靠旋转的刀片将均质杯中的样品打碎。缺点是每次均质都要更换刀片和均质杯，样品易受到污染，均质过程中容易产生热量使样品中的微生物受损。
拍击式均质器使用无菌均质袋，拍击的机械装置作用在均质袋上，不和样品直接接触，因此不会受污染。拍击式均质器由于使用方便，不易受污染，使用越来越广泛。但其缺点是均质的力量不足，对于坚硬的样品不但无法均质均匀，还会引起均质袋的破损。
注意事项
1.使用前先将电源插头固定牢靠后，再打开机器开关。插头不能使其出现松动，因为机器工作时会产生振动导致插头脱落。这种突然短点对机器会造成损伤。
2.均质器工作时不准随便打开均质器门，防止样液飞溅(有的均质器打开门以后自动停止拍击均质)，一定要先关机器再开门，然后同样关闭门之后再开机。